I stället fick Progressiva Slovakien flest röster, med ett stöd på 27,8 procent, enligt de resultat som slovakiska medier rapporterar.
Populistiska Smer blir näst största parti med 24,8 procent.
Proryske Fico sköts flera gånger i samband med ett framträdande i staden Handlova. I slutet av maj skrevs han ut från ett sjukhus, för att återhämta sig och få vård i hemmet.
