Samtalet skedde på initiativ från Moskva. Spänningarna har ökat ytterligare på grund av USA:s plan att stationera långdistansrobotar i Tyskland. Ryssland har varnat för att det kan leda till ett nytt kallt krig.
"Frågan om att förebygga säkerhetshot och minska risken för en möjlig eskalering diskuterades", skriver det ryska försvarsdepartementet.
Ryssland och USA har lyckats hålla i gång sporadiska samtal över telefon trots en frostig relation med anledning av Rysslands krig i Ukraina. Parterna talades vid i telefon senast i juni.
