Kallas har varit landets premiärminister sedan januari 2021 och var den första kvinnan i landets historia på posten.
Hon efterträder Josep Borrell på posten som EU:s utrikeschef.
Kaja Kallas lämnar sin post som premiärminister för Estland till fördel för jobbet som EU:s utrikeschef, rapporterar det estniska public service-bolaget EER.
Kallas har varit landets premiärminister sedan januari 2021 och var den första kvinnan i landets historia på posten.
Hon efterträder Josep Borrell på posten som EU:s utrikeschef.