Myndigheterna har uppmanat fler än 200 000 personer att evakuera.
Mer än tio centimeters regn kom på bara en timma i städerna Sakata och Yuza under torsdagen.
I de värst drabbade regionerna Yamagata- och Akita-prefekturerna avtog regnet på fredagen, men det fanns fortfarande risk för översvämningar och jordskred. Premiärminister Fumio Kishida uppmanade människor att ”sätta säkerheten först”.
Och mer regn är att vänta. Under fredagskvällen kan det komma upp till 20 centimeter mer nederbörd i vissa delar av landet, förutspår Japans meteorologiska myndighet.
