Åtgärden, och påföljande ceremonier, är en del av regeringens insatser att försöka skapa ett avslut för de dödas familjer och närstående. Många av dem som kämpade för de väpnade befrielserörelserna ANC och PAC tog sin tillflykt till grannländerna.
Rörelserna hade militära träningsläger i länderna, men flera av dem som sökte asyl flydde apartheidregimens förföljelse.
På fredag väntas president Cyril Ramaphosa från partiet ANC stå som värd för en officiell ceremoni innan kvarlevorna begravs.
Sydafrika förhandlar om att återföra kvarlevor med regeringarna i bland annat Lesotho, Etiopien, Tanzania, Angola och Ryssland.
