Islamiska jihad är allierad med terrorstämplade Hamas.
Enligt källan har Abdel Aziz Minawi i gruppens politiska byrå och utrikeschef Rasmi Abu Issa dödats i attacken mot Qudsaya i Damaskusområdet. Ytterligare en person inom Islamiska jihad dödades i samma attack, enligt källan.
Israels militär har inte kommenterat uppgifterna om dödsfallen.
I torsdags dödades 23 personer i och nära Damaskus, enligt Storbritannienbaserade Syriska människorättsobservatoriet (SOHR), som bevakar konfliktläget i Syrien med hjälp av ett nätverk av källor.
