Befälhavaren säger att rebellerna öppnat portarna till stadens fängelse.
"Våra styrkor har lyckats frita över 3 500 fångar från fängelset i Homs", skriver Hassan Abd al-Ghani på Telegram sent på lördagen.
Han lade till att rebellgrupper "söker genom stadens olika delar" i en pågående framryckning.
al-Ghani har tidigare försäkrat att religiösa minoriteter i Syrien inte ska utsättas för våldsamheter, rapporterar AFP.