Myndigheten har upptäckt 32 brister på fartyget, varav tre bedöms så allvarliga att fartyget stoppas. Bristerna berör bland annat brandsäkerheten, navigationsutrustningen och otillräcklig ventilation i pumprummet.
Fartyget kommer att behöva ta in extern hjälp för att åtgärda bristerna vilket kan ta tid, säger sjöfartsdirektören Sanna Sonninen i ett pressmeddelande.
Det oljelastade fartyget uppmärksammades på juldagen, misstänkt för att ha släpat ett ankare i tiotals kilometer på havsbotten och på så vis ha skadat flera viktiga undervattenskablar mellan Finland och Estland.
Eagle S har saknat ett av sina två ankare och under tisdagen uppgav svenska marinen att det svenska ubåtsräddningsfartyget HMS Belos bärgat det saknade ankaret.
Fartyget, som hålls kvar i en finländsk hamn, seglar med Cooköarnas flagga men misstänks ingå i den ryska skuggflottan för att kringgå omvärldens sanktioner.
Flera i fartygets besättning misstänks för grovt sabotage och grov störning av telekommunikation. Det utreds också om det skett brott mot sanktionerna mot Ryssland.
