Det var Israels försvarsminister Israel Katz som först meddelade att det var en pappa och hans sons kroppar som återhämtats i en insats.
Senare uppgav militären i ett uttalande att man bara hämtat pappans kropp, men att man under insatsen hittat fynd kopplade till sonen, "som väcker allvarlig oro för hans liv".
Pappan hittades i en tunnel i Rafah, enligt militären.
De båda männen togs som gisslan under terrorstämplade Hamas attack den 7 oktober 2023.
Återförandet av kroppen sker medan Israel och Hamas överväger en överenskommelse om vapenvila där de kvarvarande gisslan skulle friges och som skulle leda till en paus i striderna i Gaza.
Runt 100 personer hålls fortfarande fångna i Gaza. En tredjedel av dem bedöms enligt Israel vara döda. Mannen som nu återhämtats troddes däremot vara bland de levande.
