Yoon står åtalad för att ha lett ett försök att genomföra en statskupp, efter hans misslyckade utropande av undantagstillstånd i början av december.
64-årige Yoon närvarade själv i rätten på torsdagen, då huvudförhandlingen inleddes med de första förhören.
Han är landets första sittande president som ställs inför rätta i ett brottmål. Han nekar själv till brott och har kallat undantagstillståndet för legitimt.
Hans advokater har insisterat på att utredningen mot honom från början saknat grund. De hävdar att det låg inom hans befogenheter som statschef att utropa krigslagar.
Yoon har suttit fängslad sedan han greps i en stor polisinsats den 15 januari efter att ha vägrat infinna sig hos utredare och i stället barrikaderat sig i presidentpalatset.
Yoon framträdde även i en annan domstol på torsdagen. Parallellt med brottmålet pågår även ett riksrättsmål, där landets konstitutionsdomstol ska besluta huruvida Yoon formellt ska avsättas från ämbetet.
Hans presidentbefogenheter upphävdes när han ställdes inför riksrätt den 14 december, men om Yoon avsätts från ämbetet måste landet hålla nya presidentval inom 60 dagar.
