Totalt minskas personalstyrkan från 82 000 till 62 000, vilket inkluderar de 10 000 uppsägningarna och ytterligare 10 000 anställda som lämnat myndigheten frivilligt efter utköpserbjudanden som gavs av Trump-administrationen till nästan alla federalt anställda.
De flesta nedskärningarna drabbar livsmedels- och läkemedelsmyndigheten FDA samt smittskyddsmyndigheten CDC där 3 500 respektive 2 400 tjänster ryker.
Samtidigt försvinner 1 200 tjänster vid forskningsinstitutet National Institutes for Health (NIH).
Enligt nyhetsbyrån Reuters kommer myndigheten även stänga hälften av sina regionala kontor.
Tidigare i mars lät USA:s hälsominister Robert F Kennedy meddela att omkring 80 000 anställda vid HHS erbjudits 25 000 dollar i avgångsvederlag.
I februari sade Kennedy i en intervju med Fox News att han hade en "generisk lista" på personal vid HHS som han vill få bort.
— Om du är där inne och arbetar för läkemedelsindustrin, då tycker jag att du ska flytta ut och arbeta för läkemedelsindustrin, sade han i intervjun.
