Peter Marks, en veteran på myndigheten, anklagar i sin avskedsansökan hälsominister Robert F Kennedy för att sprida desinformation och lögner.
Kennedy har profilerat sig som en skarp vaccinkritiker och har spridit konspirationsteorier om bland annat covidvaccin.
Marks anser att Kennedys aggressiva hållning i vaccinfrågan är oansvarig och utgör en fara för allmänheten. Han nämner exempelvis ett utbrott av mässlingen i Texas och konsekvenserna av att många inte hade vaccinerat sig.
Enligt tidningarna har Marks blivit pressad att säga upp sig.
