En domstol avvisade på torsdagen 75-åringens försök att få arresteringsordern upphävd.
Collor de Mello valdes till president 1990 men tvingades avgå bara två år senare. Han anklagades även då för korruption, men friades av landets högsta domstol.
Han är dock inte den första presidenten att komma i klammeri med rättvisan. Sedan militärstyret 1964–1985 har fyra av sju presidenter antingen blivit åtalade eller dömda för brott. Nu senast ex-presidenten Jair Bolsonaro som står åtalad för att ha försökt inleda en statskupp.