Bland de utpekade avdelningarna finns bland annat inrikes- respektive transportdepartementen. Även de övergripande myndigheterna OMB och OPM som sysslar med förvaltning och personal för den federala statsapparaten, stoppas från neddragningar under perioden.
Bakom stämningsansökan står en bred koalition bestående av bland annat fackförbund, städer och hjälporganisationer.
Domaren Susan Illston i Kaliforniens norra distrikt meddelade beslutet efter ett hastigt sammankallat domstolssammanträde på fredagen.
Bara timmar senare meddelade Illston att Trumpregeringens försök att sparka medarbetare och stänga ner olika kontor och program hotar viktiga tjänster, rapporterar The New York Times.
"Sådana åtgärder ligger långt utanför gränserna för någon auktoritet som kongressen tilldelat OPM eller OMB, och, som nämnts, har Doge ingen som helst lagstadgad auktoritet", skriver hon.
Domaren pekar bland annat ut att besparingarna kan stoppa nödutbetalningar till bönder efter naturkatastrofer liksom säkerhetsinspektioner av gruvor.
I sitt beslut skriver domaren också att domstolen anser att "presidenten troligtvis måste begära samarbete med kongressen för att genomföra de förändringar han vill göra", enligt NBC News.
Ärendet fortsätter den 22 maj, då domaren ska lyssna på fler synpunkter i fallet.
