Beskedet kommer bara veckor innan det nyval som utlystes sedan Yoon orsakat politiskt kaos genom att införa krigslagar i landet.
Sydkorea går till val den 3 juni för att välja en efterträdare till Yoon. Röster har höjts inom hans parti, konservativa PPP, om att utesluta den tidigare presidenten sedan det största oppositionspartiets kandidat – liberale Lee Jae-Myung – drar ifrån i opinionsmätningarna.
"Jag lämnar PPP i dag", skriver Yoon nu på Facebook och uppmanar väljarna att stödja partiets officiella kandidat Kim Moon-Soo.
Yoon Suk-Yeol avsattes i riksrätt den 4 april, efter att i december förra året ha utlyst ett plötsligt undantagstillstånd med krigslagar.