Nyhetsbyrån AFP rapporterar att fartyget är framme i hamnstaden Ashdod.
Efter att fartyget har anlänt säger Moatasem Zedan, talesperson för den israeliska människorättsorganisationen Adalah, att organisationen ännu inte fått tala med aktivisterna.
— Vi vet att de befinner sig i Ashdod enligt myndigheterna, men de har inte gett oss tillåtelse att träffa dem ännu, säger Moatasem Zedan.
— Vi väntar fortfarande på att ge dem rättsliga råd och på att företräda dem mot de israeliska myndigheterna.
I Ashdod lämnas de över till Israels migrationsmyndighet och tas till staden Ramla, sydost om Tel Aviv, enligt Zedan.
— Utifrån erfarenhet från vår tidigare hantering av sådana här fall så kommer de (Israel) bara att utreda dem och efter det kommer de tvinga dem att lämna landet genom att sätta dem på flygplan till sina hemländer.
— Oftast gör Israel det så snabbt som möjligt.
Enligt Freedom Flotilla, organisationen bakom seglatsen, bordades fartyget – som var på väg till Gazaremsan – kring klockan 02 natten till måndag svensk tid. Israel hade sedan tidigare uppgett att det inte skulle tillåtas nå Gaza.
Madleen avseglade från Sicilien den 1 juni och har sedan i lördags befunnit sig utanför Egyptens kust. Aktivisterna hade med sig nödhjälp i form av bland annat blöjor, modersmjölksersättning, mjöl, ris och vårdmateriel.