Frisläppandet skedde natten mot lördag svensk tid, några timmar efter ett beslut från en federal domstol om att så skulle ske.
— Rättvisan segrade, men det har tagit alldeles för lång tid. Det här borde inte ha tagit tre månader, sade han utanför det förvar i delstaten Louisiana där han tillbringat sin tid i fångenskap.
Khalil greps den 8 mars utanför sin bostad på Manhattan, utan att vara anklagad för brott.
President Donald Trumps regering vill utvisa honom för hans deltagande i propalestinska demonstrationer vid universitetet Columbia i New York. 30-årige Khalil väntas nu återvända till New York för att återförenas med sin fru, som fött parets första barn under tiden maken satt fängslad.
Domaren Michael Farbiarz, som fattade beslutet om frigivandet, hade redan tidigare slagit fast att Khalil bör släppas, men han gav USA:s regering en tidsfrist om att överklaga beslutet till fredagen. Domaren satte borgen till en dollar, motsvarande knappt tio kronor, vilket Khalil har erlagt.
Khalil anklagas inte för direkta brott i samband med protesterna på universitetet Columbia i New York.
