Migranterna kommer från Kuba, Laos, Mexiko, Myanmar, Vietnam och Sydsudan. De har hållits under bevakning i veckor på en amerikansk militärbas i Djibouti, Afrikas horn, i väntan på att rättsprocessen ska ha sin gång.
Förvaringen har under tiden skett i en fraktcontainer, omvandlad till en tillfälligt förvarsanläggning. Högsta domstolen motiverade beslutet att nu låta överföra migranterna från amerikanskt förvar till Sydsudan med att de dömts för allvarliga brott i USA.
— Detta var en seger för lag, säkerhet och trygghet för det amerikanska folket, säger talespersonen Tricia McLaughlin på departementet för inrikes säkerhet.
Deporteringen sköts tidigare upp sedan en domare, med hänvisning till att migranterna inte getts chansen att överklaga, tillfälligt stoppat den.