Flera hundra personer har också gripits i samband med protesterna, enligt landets polismyndighet.
De prodemokratiska demonstrationerna mot polisbrutalitet och korruption har hållits runt om i landet och markerar 35-årsdagen av de historiska protesterna 1990 med krav på fria val.
Demonstranterna anklagar myndigheterna för att betala beväpnade vandaler för att misskreditera deras rörelse, medan regeringen har jämfört demonstrationerna med ett "kuppförsök".
Måndagens våldsamma sammandrabbningar mellan polis och demonstranter är en i raden av flera urartade protester de senaste månaderna.
Enligt KNCHR ska kriminella gäng också ha närvarat vid dagens demonstrationer i Nairobi och slagits sida vid sida med polisen – uppgifter som polisen själva dementerar.
