Yoon Suk-Yeol står sedan tidigare åtalad för att lett ett misstänkt försök till statskupp i Sydkorea, sedan han utlyst ett kortlivat undantagstillstånd i landet i början av december och skickade militär till parlamentet.
Han nekar till anklagelserna och har insisterat på att han som statschef hade befogenhet att införa krigslagar.
Han avsattes i början av april när författningsdomstolen i ett riksrättsförfarande beslutade att utlysningen inte uppfyllde lagkraven för en nationell kris.
Den senaste arresteringsordern utfärdades på grund av oro att expresidenten skulle ”förstöra bevis” i fallet med krigslagarna.
I brottmålsprocessen kan en fällande dom leda till som mest livstids fängelse eller till och med dödsstraff.
