Nedskärningarna gäller särskilt vaccin som utvecklas med så kallad mRNA-teknik, som bland annat låg till grund för vaccinen mot coronaviruset.
Vaccinskeptikern Kennedy säger i ett uttalande att han vill att hälsodepartementet ska investera i bättre och säkrare lösningar, men ger inga vidare detaljer om vad det skulle vara.
— För att ersätta de problematiska mRNA-programmen prioriterar vi utvecklingen av säkrare, bredare vaccinstrategier, som helvirusvacciner och nya plattformar som inte kollapsar när virus muterar, säger Kennedy i en video, utan att ge vidare ledtrådar om vad alternativen skulle vara.
Totalt kommer 22 projekt, ledda av läkemedelsföretag som Pfizer och Moderna, att få indraget stöd.
En av fördelarna med mRNA-tekniken är att den erbjuder snabb produktion, vilket var avgörande för att begränsa coronapandemin, enligt experter.
— Jag tror inte att jag har sett ett farligare beslut inom folkhälsan under mina 50 år i branschen, säger Mike Osterholm, expert på infektionssjukdomar och pandemiförberedelser vid University of Minnesota till AP.