Olyckan inträffade när en av flyktingbåtarna började ta in vatten vilket fick personer att klättra ombord på den andra, som då kapsejsade.
Totalt ska knappt hundra personer ha funnits ombord på de båda båtarna som färdades från Tripoli i Libyen.
Omkring 60 personer har räddats och förts in till land efter att de upptäcktes från luften av italienskt polisflyg.
Hittills i år har 675 flyktingar omkommit på Medelhavet, enligt UNCHR. Flyktingar som lämnar norra Afrika tar sig ofta över havet på läckande eller överfulla båtar med sikte på Italien och övriga Europa.
Rutten över Medelhavet räknas till en av de dödligaste i världen. Det totala antalet flyktingar som nått Italiens kust i år är enligt landets myndigheter 38 263.
