Trafikkaos rapporteras från delar av mångmiljonstaden Delhi. Både där och i många andra städer har skolor stängts.
Den röda varningen i huvudstadsområdet beräknas gälla hela veckan ut.
Vattenmassorna har även blivit dödliga i det omstridda Kashmir. Där slog vattenmassor sönder en by i bergen, uppger indiska myndigheter.
56 personer har hittills bekräftats döda, men antalet kan komma att stiga. 80 personer saknas fortfarande.
Ytterligare 150 skadade människor har räddats, av dem har 50 allvarliga skador.
— Det är dystra nyheter, säger Omar Abdullah, delstatschef i indiska Kashmir.
Översvämningskatastrofen är den andra som drabbar Indien bara i augusti.
Längre österut, i delstaten Uttarakhand längs gränsen mot Kina, har en glaciär kollapsat, vilket lett till nya strömmar av vatten och bråte i området. Det har i sin tur inneburit att floden Bhagirathi blockerats så att en ny sjö med över en kilometers diameter bildats nära turiststaden Harsil.
