Enligt det danska banverket skedde olyckan mellan Kliplev och Tinglev. Tåget ska har varit på väg från Köpenhamn till Sønderborg via Fredericia.
Tåget uppges ha kolliderat med ett fordon vid en järnvägsövergång.
Banverket sade initialt att olyckan betraktas som omfattande och allvarlig. Ambulanshelikopter flögs till platsen, men det är oklart hur många som skadades i olyckan, och hur många passagerare som reste med tåget.
Dödsfallet bekräftas av flera danska medier.
I räddningsinsatserna ingick även tyska ambulanser, då olyckan inträffade nära gränsen till Tyskland. Skadade fördes även till den tyska staden Flensburg på andra sidan gränsen.
En vagn lossnade vid olyckan och välte på en åker. Tåget står fast vid ett grusområde intill spåret och all trafik på den enkelspåriga järnvägen är inställd.
— Vi har inrättat en krisstab, säger Tony Bispeksov, informationschef på danska DSB.
Enligt Bispeskov tros tåget ha kolliderat med en gödselvagn.