Enligt domaren Kathleen Williams har delstaten samt den federala regeringen undanlåtit att göra en analys av konsekvenserna för miljön. Förvaret är ett led i regeringen Trumps politik att avskräcka migranter från att söka sig illegalt till USA.
Förvaret sattes hastigt upp i somras på ett övergivet flygfält i naturreservatet Big Cypress, intill nationalparken Everglades. Det omges av träskmarker med alligatorer, ett rikt fågelliv och är habitat åt bland annat den mycket sällsynta Floridapantern.
Både miljögrupper, människorättsorganisationer och folkgruppen Miccosukee har lämnat in stämningar mot förvaret.
Delstaten Florida kommer att överklaga domslutet som är preliminärt medan rättsprocesserna fortsätter.