Olyckan inträffade på lördagen, när ett persontåg spårade ur på väg från Kairo till den nordvästliga provinsen Matrouh.
Sju vagnar spårade ur och två av dem välte, enligt ett uttalande från landets järnvägsmyndighet. Minst tre personer omkom och över 90 skadades.
Tågolyckor inträffar med jämna mellanrum i Egypten, där det åldrade järnvägssystemet länge plågats av misskötsel.
