Domaren Luiz Fux kallar åtalet för politiskt i sitt beslut som han meddelade efter en nio timmar lång överläggning.
Bolsonaros son, senatorn Flávio Bolsonaro, menar att Fux avslöjat att rättegången är en "politisk häxjakt" och att den därför borde ogiltigförklaras helt.
Två domare har redan valt att döma Bolsonaro. Rättegången avgörs av majoritetsröst och väntas pågå till och med fredag. Domarna kan ändra sina beslut fram till rättegångens slut.
Den 70-årige Bolsonaro kan komma att dömas till 40 års fängelse om en majoritet av domarna anser att han är skyldig till att försöka ta tillbaka makten efter det att han förlorat presidentvalet mot Luis Ignácio Lula da Silva 2022.
