Budgeten där nedskärningarna föreslås är separat från den fredsbevarande budgeten, och normalt sett har USA stått för dryga 20 procent av den. Enligt en högt uppsatt anställd vid FN kommer nedskärningen innebära att nära 2 700 jobb försvinner.
De tre områdena fred och säkerhet, mänskliga rättigheter och hållbar utveckling kommer att påverkas av nedskärningarna, enligt Guterres.
I ett brev till medlemsländer och FN-personal skriver Guterres att nedskärningarna kan innebära att personer som är anställda kan behöva förflyttas, få nya arbetsuppgifter eller sägas upp.
FN:s generalförsamling kommer att rösta om budgeten före nästa år.
FN har i flera år haft ekonomiska problem då vissa medlemsstater inte betalar det de ska, och vissa betalar inte i tid. Enligt FN låg USA efter med betalningarna i slutet av januari i år och har inte betalat något sedan Trump återvände till Vita huset. Det är oklart vad som kommer hända med USA:s bidrag till FN framöver. Landet har tidigare lämnat flera FN-organ, däribland Världshälsoorganisationen (WHO).