Båtarna befinner sig strax norr om Egypten, drygt 20 mil väster om Gaza.
"Vi har nu äntrat högriskzonen", skriver GSF på Telegram.
Under natten uppges "oidentifierade fartyg", vissa av dem nedsläckta, ha närmat sig konvojen men därefter lämnat platsen.
Ombord finns bland andra Greta Thunberg samt ytterligare ett drygt tiotal svenskar.
