Flykten över den hårt bevakade gränsen mellan länderna skedde på söndagen.
Sydkoreansk militär identifierade personen "nära den militära demarkationslinjen, spårade och övervakade honom och genomförde en standardoperation för att gripa honom”, heter det i ett uttalande från Sydkoreas försvarsstab.
Avhopp från Nord- till Sydkorea är relativt ovanliga på grund av den stränga bevakningen vid gränsen. Sedan Korea delades i mitten på 1950-talet har dock tiotusentals flytt den kommunistiska diktaturen i norr till demokratin i söder.