Kranen användes i bygget av en bro till den kommande höghastighetslinjen mellan Bangkok och Kina, via Laos. Men tåget som träffades gick på befintlig räls, från huvudstaden till Ubon Ratchathani vid den östra gränsen mot Laos.
Vittnet Mitr Intrpanya säger att han hörde kraftiga ljud, däribland explosioner.
Klicka här för att följa oss på Google— När jag gick för att titta såg jag kranen uppe på ett persontåg, berättar han för nyhetsbyrån AFP.
— Kranens metall såg ut att slå ned mitt på den andra vagnen, och skära itu den.
Myndigheterna räknar enligt medier till över 30 döda. Drygt 60 ska vara skadade medan några personer saknas. Enligt transportminister Phiphat Ratchakitprakarn befann sig 150 personer ombord på expresståget.
Den första delen av den nya höghastighetslinjen ska invigas 2028.
