Skadorna på skolan är begränsade, enligt borgmästaren Femke Halsema. Ingen person ska ha skadats.
Händelsen betraktas av såväl Halsema som polisen och rättsväsendet som en riktad attack mot den judiska gemenskapen, skriver Telegraaf.
Klicka här för att följa oss på Google— Amsterdam ska vara en plats där judar kan leva i trygghet, säger Halsema till tidningen.
Polisen analyserar material från övervakningskameror, där en person ses utlösa en sprängladdning, enligt Telegraaf.
På fredagen greps fyra män efter en explosion utanför en synagoga i Rotterdam, enligt nyhetsbyrån AFP. Även i Liège i Belgien har en synagoga attackerats tidigare i veckan.
