Drönaren tros vara av ukrainskt ursprung och avsedd för ryska mål, rapporterar den baltiska nyhetssajten Delfi.
Vid lunchtid utfärdade försvaret ett larm om ett möjligt lufthot i södra Estland.
”Om du ser en drönare, håll dig borta och ring 112”, löd varningsmeddelandet.
Knappt en timme senare meddelades att hotet var över.
Flygvapnet och säkerhetspolisen utreder händelsen.