Bland de misstänkta finns 13 poliser och gränsvakter som enligt uppgift ska använt GPS och krypterad kommunikation för att styra och lokalisera leveranserna. Totalt pekas 49 personer ut.
Litauens premiärminister Inga Ruginiene beskriver gripandena som en "mycket smärtsam nyhet för staten och samhället”.
Smugglingen av främst cigaretter har orsakat upprepade störningar i flygtrafiken och lett till tillfälliga stängningar av Vilnius flygplats. Sedan december råder undantagstillstånd i Litauen och hårdare straff på smuggling har införts.
