Sektledaren Castillo Gaete var på flykt efter att ha mördat en tre dagar gammal bebis i november, något som Nyheter24 tidigare rapporterat om.
Bebisen brändes levande på ett bål, eftersom sektledaren trodde att bebisen var antikrist och skulle få jorden att gå under.
Barnets mor och tre andra sektmedlemmar greps i förra veckan misstänkta för mord. Castillo Gaete var förmodligen barnets far och övertalade barnets mor att hjälpa till med mordet.
Castillo Gaete hittades av peruansk polis med ett rep runt halsen. Han ska ha hängt sig i en takbjälke utanför Cusco, rapporterar polischefen Juvenal Zereceda. Det finns inget som tyder på att det inte skulle var självmord, rapporterar BBC News.