Den försvunna ubåten, som går under namnet KRI Nanggala-402, ska ha deltagit vid en militärövningen norr om den indonesiska ön Bali när man tappade kontakten med fartyget. Klockan var då 04.30 lokal tid.
"Vi söker fortfarande i Balis vatten, 96 kilometer från Bali, efter 53 personer", skriver den militära chefen Hadi Tjahjanto till Reuters.
Indonesiska myndigheter har skickat en förfrågan om hjälp i sökarbetet till grannländerna Australien och Singapore.