34-åringen opererades i hälsenan i februari och missade därmed resten av säsongen med Manchester City.
Houghton har gjort 121 landskamper och spelat i fem mästerskapsturneringar. Hon var tidigare kapten i landslaget.
Arsenals Leah Williamson har tagit över kaptensbindeln och leder en trupp med en blandning av unga och mer erfarna spelare. Nio mästerskapsdebutanter är med i 23-mannatruppen.
England inleder EM mot Österrike den 6 juli på Old Trafford i Manchester.
