Melina Andersson var tidigt med en tätklunga av fem kanoter som anförde det fem kilometer långa loppet i Racice.
Länge var det Andersson som drog fram konkurrenterna, men strax innan det sjätte och sista varvet gick Zsoka Csikos, Ungern, upp i topp.
Ungerskan kunde hålla undan för guldet och svenskan blev även passerad italienskan Susanna Cicali innan Andersson gick över mållinjen som trea.
Bronset på den långa distansen var 25-åringens andra på årets EM. Under lördagen tog Andersson silver i K1 1 000 meter.
Sedan tidigare har Melina Andersson flera VM- och EM-medaljer på de två distanserna, men hon väntar fortfarande på sitt första individuella seniorguld i sprint.
