Den kenyanska löparen testade positivt för det förbjudna ämnet hydroklortiazid i mars i år.
Hydroklortiazid kan göra det svårare att upptäcka andra dopningsklassade ämnen under dopningstest, samt bidra till snabb viktminskning. Det används vanligtvis vid förhöjt blodtryck.
Chepngetich gick frivilligt med på en provisorisk avstängning under AIU:s utredning i april.
"Under månaderna som följde fortsatte AIU sin utredning och utfärdade i dag ett officiellt åtal samt införde en egen provisorisk avstängning", säger Brett Clothier, avdelningschef för AIU, i ett uttalande.
Fallet kommer nu utredas av en disciplinkommitté.
Förra året satte Chepngetich nytt världsrekord i maraton med tiden 2.09.56 under Chicago Marathon. Hon vann även maratonloppet under VM 2019 i Qatar.
