”Vi har gått skilda vägar med José Mourinho”, säger klubben i ett uttalande.
Mourinho tog över huvudansvaret i Fenerbahce i juli i fjol och har tidigare varit avstängd i en match efter att ha kritiserat turkisk fotboll och matchdelegater.
62-åringen har genom åren tränat storklubbar som Real Madrid, Inter, Roma, Chelsea, Tottenham och Manchester United. Han har vunnit två Champions League-titlar och ett flertal ligatitlar.