I ett uttalande skriver Bundesligalaget att Gnabry blir borta under "en längre period".
De regerande tyska ligamästarna anger ingen exakt tidsram för återkomsten, men enligt tyska medier har Gnabry spelat sin sista klubblagsmatch för säsongen och riskerar därmed att missa sommarens VM i Nordamerika.
Gnabry startade Tysklands alla sex matcher i VM-kvalet och gjorde tre mål.
