Bolagets aktie har rasat med nästan 30 procent sedan olyckan med ett av Boeings flygplan i januari. En dörrplugg lossnade på ett av Alaska Airlanes flygplan av typen Boeing 737 Max 9 och tvingades nödlanda. Ingen skadades i olyckan.
Redan i samband med olyckan tackade Calhoun nej till en ekonomisk bonus på tre miljoner dollar.
Boeing meddelar att Calhoun och även andra i ledningen kommer få aktiebonusarna sänkta med ungefär 22 procent, motsvarande fallet i aktiekursen från olyckan fram till avstämningsdagen för bonusprogrammet.
Calhoun har tidigare meddelat att han slutar som vd vid årsskiftet.