En av de som dödades var en militär befälhavare, uppger den israeliska militären.
"Terroristen Ibrahim al-Nabulsi dödades i staden Nablus", skriver Israels militär i ett uttalande, och lägger till att även "en annan terrorist i huset" dödades.
Den israeliska militären uppger att palestinier kastade bland annat stenar, vilket möttes med skottlossning.
Ibrahim al-Nabulsi var en högt uppsatt person inom Al-Aqsa-martyrernas brigad.
I söndags kväll trädde en vapenvila i kraft mellan Israel och terrorstämplade Islamiska jihad efter tre dagars strider.
