Beskedet kom från Frontex styrelse på tisdagen, samtidigt som EU:s byrå för bedrägeribekämpning (Olaf) inledde en granskning av Frontex.
Leijtens tar över efter tillförordnade chefen Aija Kalnaja, som i sin tur ersatte den mycket kritiserade Fabrice Leggeri. Han lämnade in sin avskedsansökan i våras efter påtryckningar.
Under hans ledarskap anklagades Frontex för att ha blundat för tillbakatryckande av flyktingar och migranter vid EU:s yttre gränser. Trakasserier och missförhållanden rapporterades också inifrån organisationen.
Mandatet är på fem år.
