Vid sin regelbundna presskonferens på morgonen sade López Obrador att han hade sett opinionsundersökningar där 85 procent ogillar "den oäkta presidenten".
Han tillade också att andra personer i Perus parlament har ännu sämre siffror.
Boluarte avfärdade uttalandet och kallade hans återkommande ifrågasättande som oacceptabelt. Formellt sköts framöver kontakterna mellan länderna på den lägre chargé d'affaires-nivån, enligt ett uttalande från Lima.
Omkring 50 personer har mist livet i sammandrabbningar mellan säkerhetsstyrkor och demonstranter i Peru sedan i början av december då den förre presidenten Pedro Castillo avsattes och greps, och Dina Boluarte tog över posten.
