En person skadades också allvarligt när en lyftkran välte i stormen. Zagrebs borgmästare Tomislav Tomasevic sade att staden aldrig tidigare upplevt en sådan storm "både när det gäller kraft och skada".
Även i grannlandet Slovenien dödades en person av ett fallande träd.
Stormen på Balkan kommer samtidigt som södra Europa har drabbats av extremvärme med skogsbränder och hälsovarningar i flera länder.
