Under besöket ska påven bland annat möta Mongoliets president och premiärminister, samt ett antal biskopar, präster och nunnor som utgör ryggraden i det lilla katolska samfundet på drygt 1 400 personer som bara funnits i en generation.
Besöket genomförs vid en tidpunkt då Vatikanens förhållande till Mongoliets två mäktiga grannar, Ryssland och Kina, är spänt.
I samband med att det påvliga planet korsade Kinas luftrum skickade påve Franciskus ett telegram med lyckönskningar till Kinas president Xi Jinping och landets folk, uppger Vatikanen.