Den misstänkta skytten, som av lokala medier beskrivs som en polis, ska ha gripits.
Även den israeliska räddningstjänsten Zaka rapporterar om två dödade i attacken, som sker samtidigt som Israel strider mot palestinska milismän på hemmaplan.
Egypten slöt fred med Israel för decennier sedan och har länge fungerat som medlare i den israelisk-palestinska konflikten. Anti-israeliska stämningar förekommer dock fortfarande bland befolkningen.
