Biden tillade att en markoffensiv i Rafah skulle vara ett misstag, uppger Vita huset.
Netanyahu har gått med på Bidens önskan om att skicka en delegation av högt uppsatta israeliska tjänstemän till Washington för att diskutera planerna för Rafah och ett möjligt "alternativt tillvägagångssätt", säger Jake Sullivan, USA:s nationelle säkerhetsrådgivare.
I samtalet med Biden upprepade Netanyahu tidigare yttranden om att Israel är "fast beslutet att uppnå krigets alla mål: utplåna Hamas, befria alla gisslan och garantera att Gaza aldrig mer utgör ett hot mot Israel", enligt ett uttalande från premiärministern.
Enligt källor till Times of Israel var det Biden som tog initiativ till samtalet.
Relationen mellan de två ledarna har blivit allt mer frostig den senaste tiden. USA:s president försöker förmå Netanyahu att gå med på en vapenvila i Gaza, men den israeliske ledaren har, enligt amerikanska medier med källor nära Biden, ansetts vara omöjlig att ha att göra med.
Enligt ett uttalande från USA:s nationella säkerhetsråd i februari har de två ledarna ändå en "respektfull relation".
"Presidenten har varit tydlig när han inte håller med premiärminister Netanyahu, men det här är en decennielång relation som är respektfull både offentligt och privat", lyder uttalandet.
