President William Ruto meddelade dödsolyckan inför reportrar, och sade att det kenyanska flygvapnet har inlett en haveriutredning.
"En framstående fyrstjärnig general (Francis Omondi Ogolla) har stupat i tjänsten", sade presidenten och utlyste tre dagar av sorg i landet.
Två personer uppges ha överlevt kraschen.
